La truite Fario vit dans des eaux fraîches, de bonne qualité et bien oxygénées. En raison de sa sensibilité et de ses exigences, elle constitue un bon indicateur de la qualité de l'eau et de la diversité des habitats. Les analyses de peuplements sur plusieurs cours d’eau de Bourgogne montrent un déficit de truite Fario par rapport à la capacité d’accueil de la rivière.

Petit poisson des rivières à fond caillouteux et à eau fraîche, bien oxygénée et d’excellente qualité, il reste caché, posé au fond parmi les pierres. Il est très sensible aux modifications du milieu et sa présence est un indicateur de la qualité des eaux et de la structure du milieu.

Les lamproies adultes recherchent du sable ou des graviers et une eau bien oxygénée pour la ponte et le développement des larves dans le substrat (vase et limon). Le principal problème rencontré est l’accessibilité et la détérioration des zones de frayère.